#! /usr/bin/perl -w my @seq=(); my $aa=""; while () { chomp($_); if ($_!~m/>/){ @seq=split(//,$_); foreach $aa (@seq){ if ($aa eq "U"){ print "X"; }elsif(($aa eq "#")||($aa eq "@")||($aa eq "%")){ next; }else{ print"$aa"; } } print "\n"; }else{ print "$_\n"; } }